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同学好~

なってはいないでしょうか     这里的は是加强句子语气作用，可以省略，省略掉之后就是 なっていないでしょうか  なっていない 是 なる 的进行时态 なっている 的否定形式，  なっていない。
迷惑になっていない  没有给对方造成困扰。   加上 でしょうか 以疑问的形式表达肯定的意思，  不是~~~嘛。   不是会给对方造成困扰嘛。  意思就是 让对方困扰了。  这和  ではないでしょうか 是一个句型，只是接续不一样， ではない 前面是接的名词或者形容动词， 而  ていない 在这里则是 动词て形变的否定，加上进行时态，就是表达  会造成困扰的这一状态。
所以顺着同学的话也是解释的通的，  ていない：没有，でしょうか：吗    就是理解为  没有给别人造成困扰吗？  已经就是  已经造成困扰了。

而选项3  后面的でしょう 是有歧义的， 它可以是句末升调，表达疑问，此时表达肯定的语气， 而如果是降调，则就是否定，  是不会给别人造成困扰的吧。
另外就是 这里没必要用 てくる 这个语法。
 

如果同学还有疑问可以追问哟~
祝学习愉快