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同学你好~
这里后面是跟了一个完整的从句，并且用疑问词welchen充当连接词，
而这里的welchen又恰好与unterschiedlichen Schwierigkeiten一起充当疑问的部分，所以看作一个整体，
后面的从句是一个问句，正常的语序是：welchen unterschiedlichen Schwierigkeiten können die Erstsemester d.h. die Studienanfänger zu Beginn des Studium begegnen.
这个问句的主语是 die Erstsemester d.h. die Studienanfänger “大一学生也就是新生”
谓语是können begenen
而welchen unterschiedlichen Schwierigkeiten是begenen的三格宾语
所以其实这个从句其实是一个完整的句子，
如果是疑问句本身作从句，疑问词是来充当连接词的~