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同学你好，这里其实是【~に~がある】这个存在句哦~
“彼女に悪気があった”也就是“她身上有恶心”，等同于“她心怀恶意”的意思。

这里比较容易理解为“对她有恶意”，但是看到这个——【のおかげ】。    
如果是我理解了你对她没有恶意，那么感觉她是我方的人了，为什么还要感谢你让我理解了，你对她没有恶意。这样会不自然的。
所以，有恶意的其实是“彼女”。

「～だけ」表示限制，意为“仅仅、只”
　彼女に悪気があったわけではないことだけ　は　よくわかりました。
＝仅仅这件事（对她没有恶意这件事）  是 清楚地知道了的。

说话人想表示「よくわかった」→「だけ」表示仅限于这件事，
其他的（只知道你对她无恶意，但是比如“你的目的”等，此类更详细的信息就不知道了）

希望以上解答可以帮到同学，若对助助的回复有疑问，请同学在【追问】框中提出哦。
祝同学学习愉快哦~｡◕‿◕｡