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原因状语从句中嵌套了宾语从句和定语从句
句子主干是 That matters。because 引导原因状语从句，其中又包含 that 引导的从句作 suggests 的宾语。宾语从句主干为 the maximum sustainable yields...comes...，其中又嵌套 that 引导的定语从句修饰主语 yield，另外还包含 when 引导的时间状语从句。
That matters
原因状从
because theory suggests
宾从
that the maximum sustainable yields (that can be cropped from a fishery定从） comes
when the biomass of a target species is almost 50% of its original levels.（时间状从）