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同学好

第一问
「入れる」的本意是“把~~放入”，因此也有“送入、往~~中送入~~”的意思。
「～に電話をいれる」＝往~~中送入电话，也就是“给~~打电话”的意思。
比如： 会社に電話をいれる。／往公司打电话。

確認の電話をいれたほうがいいでしょう。
意思是：给（对方）打电话确认一下比较好。

此外，電話を入れる、電話をかける、電話をする，三个都是打电话的意思，比较常用的是后两个。

第二问
過ごす 和 べき 不是一体的。
「べき」表示义务，意思是“应该，理应”。它接在动词词典形之后，接「~する」时可以用「するべき」或者「すべき」。

大学四年の生活を如何に過ごすべきか考えてみよう。
意思是：想想应该怎样度过大学四年的生活吧。

第三问
这里是【副词+と】的用法
副词后面的助词と可以理解为表示动作的状态，或作用的样子。一些修饰动词，表示动词状态的状态副词，后面常跟助词と。
例如：
さっさと片付ける。迅速的收拾。
ゆっくりとお休みください。请您好好休息。
ぺたんと座る。一屁股坐下。
のんびりと暮らしている。悠闲度日。
あれこれと心配する。担心这个，惦记那个。顾虑重重。
じっくりと考える。沉思细想。

以上供参考，如有疑问，请在追问中提出，祝学习愉快 (ღˇ◡ˇღ)