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を，是宾格助词，提示了他动词 します 的宾语“息子”，表示“人为的让儿子当了医生”“把儿子培养成为了医生”“让儿子成为了医生”。
比如：
部屋を倉庫にします。把房间弄成仓库。

が，是主格助词，提示主语“息子”，表示“儿子成为了医生”。
比如：
部屋が倉庫になりました。房间成为了仓库。==》客观的描述，不涉及人为意志改变。

息子は　医者に　なりました。也是OK的
は 起到提示主题，强调语气的作用，表示“儿子（的话），（是）当了医生（的）”。比如别人问你，你儿子毕业做什么了呀？就可以这么回答。

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