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同学你好
altogether在这里是一个副词，意思为（用以强调）完全，全部
这句话可以理解为：John was altogether-I thought he seemed a little unhappy. 约翰也这样—我认为他有点不开心。
其他例句参考：
The train went slower and slower until it stopped altogether.
火车愈来愈慢，最后完全停了。
I don't altogether agree with you.
我不完全同意你的意见。
I am not altogether happy about the decision.
我对这个决定并不十分满意。

祝学习愉快！