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~を指し  动词原形是  【指す】、这里中顿用了它的连用形1形。因为是个他动词，所以前面的格助词用了を。
【植物工場とは、密閉された施設内で、光、温度、水、栄養分など、植物の生育に必要な環境を人工的に作り出すシステムを指し...】
这里的主干其实就是【植物工場とは~ システムを指し】（所谓的植物工厂就是指（代）的.....系统）。
中间省略的~ 部分其实都是作定语在修饰【システム】。
~とは～を指す    ....就是指的....

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