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同学你好~
主句 Every student（主语） should regularly experience the 'Aha,'  （宾语）

时间状语从句when something（主语） you never understood or something（并列主语） you never knew was a mystery, became（谓语） clear（表语）

定语从句you never understood修饰something
定语从句you never knew 修饰something

这里was a mystery这部分其实可以省略，在这里和系表结构became clear重复了，而且意思上也有些冗余。

祝同学学习进步~