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同学你好~
How it came about that snakes manufactured poison is a mystery.
蛇是怎样产生毒液的现在还是一个谜。

这里没有in这个词。it是形式主语
that snakes manufactured poison是主语从句。

come about是指的问题、疑惑等的产生，比如
Any possible solution to the Irish question can only come about through dialogue.
任何解决爱尔兰问题的可行方案只能通过对话产生。

而manufacture指的是“制造”某种物质，比如
Vitamins cannot be manufactured by our bodies.
维生素不能由人体来生成。

所以这里两种表达的意思不一样，不冲突的。

祝同学学习进步~