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同学好：
1 it was 可以省略。这里how difficult it was to drill through the hard rock 是感叹词how引导的一个宾语从句，正常语序是：it was difficult to drill through the hard rock; it 是形式主语，to drill ... 是真正的主语。
2 to 要保留的。因为to drill ... 是不定式做真正的主语，是一个整体。
3 省略后，how difficult ... 是一个感叹句，不能和where to go 【特殊疑问词+to do】对等；where to go 是和how to do 等对等的。

祝学习愉快！