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同学你好
这里其实是【~に~がある】这个存在句哦~
”“彼女に悪気があった”也就是”她身上有恶心“，等同于”她心怀恶意“的意思。

整个题目是这样的：
あなたの説明のおかげで＿＿＿　＿＿＿　　★　　＿＿＿よく分かりました。
1 わけではない
2 ことだけは
3 悪気があった
4 彼女に
正确排序：4312

这里比较容易理解为”对她有恶意“，但是看到这个——のおかげ    
如果是我理解了你对她没有恶意，那么感觉她是我方的人了，为什么还要感谢你让我理解了，你对她没有恶意。这样会不自然的。
所以，有恶意的其实是”彼女“。

关于另外的助词的用法，同学能否举例说明一下呢

如有疑问按追问按钮，祝学习进步