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同学好：
这里not only 在句首，所以应该用倒装语序。
如果还原为正常语序，应该是：He not only refused the gift, but also severely criticized the sender.
可以看到，not only ... but also 连接的是两个并列的谓语refused 和criticized，它们都是过去式。

如果用had he refused，还原后的语序是：He not only had refused the gift, but also severely criticized the sender. 这样had refused 和criticized 就不对称了。而且读起来语感也不顺哦~

祝学习愉快！