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同学你好，

它们的意思很接近，只有细微的差别。

liegen in ...，更常用，表示“问题/原因存在于某处”，有点像中文“问题出在……”
例如：
Das Problem liegt im Detail.
问题出在细节上。

bestehen in…，更正式，书面语多一点，强调“构成成分”
本意是“由……构成”
例如：
Die Aufgabe besteht in drei Teilen.
这个任务由三部分组成。
所以当用在“原因”时，语气更正式一点，有“原因本质上是……”的感觉。

祝学习愉快！