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同学好，在意思上没有区别，只不过 il vaut mieux 的实际主语是包含了“我”的，il vaut mieux que 的实际主语则倾向于排除“我”，试比较：
Si vous voulez mon avis, il vaut mieux s'arrêter là. 如果你问我的意见，我更想停在这里。
Si c'est pour dire des bêtises, il vaut mieux que vous vous taisiez. 如果是为了说这些蠢话的话，您最好还是闭上嘴。
但这种区别也不是规定死的，只是倾向于。