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同学你好~
在这个句子中，they指的是 Botticelli 在表达中采取的 liberties（即对自然的创意性处理）。
整个句子的结构可以拆解为：
These liberties [...] add to the beauty and harmony of the design because they enhance the impression of an infinitely tender and delicate being, wafted to our shores as a gift from Heaven.

祝同学学习进步~