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同学你好：
아팠는데 单词原型是 아프다，表示疼痛，不舒服的意思，后面和过去时制词尾 았 连接时，发生了 으 的脱落现象：
元音 으 结尾的谓词 + 아/어 开头词尾时，元音 으 脱落；
아프+았 → 아ㅍ+았  → 아팠

심해져요 是 심하다+여지다+어요 构成的。
-아/어/여지다 是一个语法，接在形容词词干后，表示变化。
比如：
연습을 많이 하니까 발음이 점점 좋아집니다.  做了很多练习，发音慢慢变好了。
어제보다 날씨가 따뜻해졌지요?  比起昨天来说，天气变暖了？
심해지다 理解为变严重的意思，지다+어요缩写成져요的形式。