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根据课文The planes had been planting seed for nearly a month 「when it began to rain」. （飞机撒播近一个月后，开始下起雨来。），可知这一句对比的动作发生时间是plant seed（种下种子）和begin to rain（开始下雨）），下雨在播撒种子后发生，下雨这个动作是过去发生的，用了一般过去时。

后文进一步以begin to rain为对比时间，「By then, 」however, in many places the grass had already taken root. （然而到那时，很多地方的草已经生了根。）by then（截止到那时）指的是到下雨时。

下一句继续解释by then发生了什么，即In place of the great trees which had been growing there for centuries 「patches of green had begun to appear in the blackened soil.」（一片片的绿草开始出现在这片烧焦的土地上，代替了多少世纪以来一直生长在那里的参天大树。） 所以依然用过去完成时表示过去发生动作以前发生的动作，即下雨前发生的绿草生长动作。

过去完成时
https://m.hujiang.com/en_shitai/guoquwanchengshi/

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