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同学你好。
1. 首先，그러나和그렇지만它们意思是非常相近的，都表示转折含义的。
如果是考试中选择近义词的话，可以互换使用；然后具体细分的话：
그러나是前后完全对立相反；
而그렇지만可以表示前后不一致或者对立，所以范围比그러나更大一些。
比如：
저는 고추를 좋아해요. 그러나 동새은 고추를 싫어해요. （我喜欢辣椒，但是弟弟讨厌辣椒。）
저는 고추를 좋아해요. 그렇지만 오늘 이가 아파서 못 먹어요. （我喜欢辣椒，但是今天牙疼没法吃。）

但是，그런데和它们不一样，그런데主要是一个提示背景、承上启下或者转换话题的作用，有时会带有点轻微的转折。比如：
비가 많이 와요. 그런데 왜 우산을 안 가져왔어요?
先提示一个背景“雨下得很大”，然后在这个前提背景下问“你怎么不带伞呀？”
이제 오세요. 그런데 어제 일은 어떻게 된 거요?
先说一句“请进”，然后转换话题，问“话说回来，昨天的事怎么样了？”
这种轻微的转折和그러나,그렇지만 比较强烈的转折是截然不同的感觉。

2. 跟-니까和-아/어/여서的区别道理一样，그러니까是可以用于命令句，共动句中的；
但是그래서是不能用于共动句或命令句中的，比如：
그러니까 내 말대로 해라. 正因为那样，才要按我说的办。
바빴기 때문에 그래서 나는 지금까지 그에게 답장하지 못했어요.由于忙, 所以我一直没给他回信。
同学可以再梳理一下，祝同学学习愉快。