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同学你好~
这里where引导定语从句，在从句中做地点状语成分
表示in which
相当于my tongue was busy searching out the hole in which the tooth had been.=my tongue was busy searching out the hole. The tooth had been in the hole.
过去进行时是因为讲的是过去发生的事情，当时作者正在做这件事
后面用过去完成时，因为是这颗牙在被拔掉之前在那个洞里，拔牙是过去式，被拔牙之前就是过去的过去，也就是过去完成时哦~
希望对同学有帮助哦~