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同学你好！
이/가是主格助词，只能用于主语后面，就是标记主语的作用。主语就是动作发出者或描述的主体，比如我爱你，我是爱这个动作的发出者，我就是主语，再比如花很漂亮，漂亮是描述花的，花是主语。上面同学举的例子里，我等朋友，我就是主语；他看报，他就是主语。
을/를是宾格助词，只能用于宾语后面，就是标记宾语的作用。宾语就是动作承受的对象，比如吃饭，饭被吃了，饭是宾语。上面同学举的例子里，等朋友，朋友就是等的宾语；看报，报纸就是看的宾语。
은/는是特殊助词，又称添意助词，可以表示主题话题，还可以表示强调、对比等含义，可以用在主语、宾语、状语等句子成分后，而不仅仅是主语专用哦。
如果它用于主语或宾语后的话，就不需要再用主格助词或宾格助词。나는 친구를 기다립니다.这里就是는替代了主格助词가。

은/는. 이/가若都用于主语后面的时候，一般就是第一次提到的信息多用이/가，之后再次提到的事物一般多使用은/는。
所以像不知道某个信息，然后就此进行提问的话，一般使用主语后이/가的，回答的时候则多用은/는。

另外，二者还有表达的侧重点的细微区别。
比如：
형은 노래를 잘해요.这里强调的是擅长唱歌这个部分。
형이 노래를 잘해요.这里强调的是哥哥这个主语本身，意为是哥哥而不是别人。

现在不用太过纠结，见得多了用得多了，慢慢就会找到感觉的。
很多时候要根据上下文分析的，如果只是普通的单句造句的话，主语后两个都能用的, 都是正确的句子。

还有就是一些固定表达也需要另外记，比如表示有没有某物：某物이/가 있다/없다. 成为什么，表达为 ...이/가 되다.

另外这里也有一个关于二者区分的帖子，同学也可以参考一下：http://kr.hujiang.com/new/p161772/

祝同学学习进步~