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同学你好~
这句话是强调句“不是我打破了窗户”，强调“不是我”。
“It is/was+被强调部分+that/who...”是强调句，可以强调主语、宾语、状语，比如

He bought the book in this shop yesterday.
→It was he who bought the book in this shop yesterday. 是他昨天在这家书店买的那本书。 (强调主语he)
→It was the book that he bought in this shop yesterday. 他昨天在这家店买的就是这本书。(强调宾语the book)
→It was in this shop that he bought the book yesterday.他昨天就是在这家书店买的那本书。 (强调地点状语in this shop)

这句话是一个比较特殊的强调句，因为这句话是否定句，was后面加上了not，如果有not，后面的人称代词要用宾格形式。

这句话相当于对 I didn't break the window. 进行强调。

主语从句中who表示“谁”，且多放在句首，而强调句中的who没有意思。比如
Who you are looking for is unknown to us.  我们不知道你在找谁。
Who will be our monitor hasn't been decided yet. 现在还没有决定谁会成为我们的班长。

这句话中没有“谁”的含义，而且转换成普通的句子，也就是Who broke the window was not me. 这个句子也不地道，“谁打破了窗户不是我”，不够通顺。

祝同学学习进步~