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同学你好~
这句话正确的语序是Fossils （that were） clearly intermediate, or transitional, between land mammals and cetaceans were missing until recently.
处于陆生哺乳动物与鲸目动物之间的过度体动物化石直到最近才被挖掘出来
这是个倒装结构，强调的是missing until recently，强调的是“最近才发现的”。
同样的结构比如 The National Park is 20 minutes from the center of the city.但是为了强调时间短，在北美旅游手册上经常是写成 20 minutes from the center of the city is the National Park.

希望可以帮到你~~