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同学你好~
When he woke up next morning 当他第二天早晨醒来时，这是时间状语从句
he discovered这是主句，他发现
that the boat had, in the meantime, travelled to Calais
这句话是宾语从句，其中主语是had travelled，被in the meantime“在此期间”给隔开了。
had travelled是过去完成时，表示动作发生在过去的过去，也就是travel在woke up和discovered之前就发生了。
第二天早上醒来时，他发现这条船在此期间已驶往加来。

祝同学学习进步~