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同学你好~
I didn't think you were here!  我没想到你在这儿。
主句谓语didn't think是一般过去时
从句也要用相应的过去时态，所以这里是were

宾语从句的时态：

一． 如果主句的谓语动词是一般现在时或一般将来时，宾语从句中的谓语动词可根据意义的需要，使用任何一种时态。如：
Could you tell me when you will come again? 你能告诉我你什么时候再来吗？

二． 如果主句的谓语动词为一般过去时，从句应用相应的过去时态。
1． 如果主句中的谓语动词所表示的动作与从句的动作同时发生，则从句应用过去进行时或一般过去时。如：
She said that she was working on the Internet. 她说她在上网。
2． 如果从句的动作发生在主句的动作之前，则从句应用过去完成时。如：
He didn't know what they had come here for. 他不知道他们到这里来的目的。
3． 如果从句的动作发生在主句的动作之后，则从句应用过去将来时。如：
Jim told me he would spend his holidays in the south. 吉姆告诉我他将到南方度假。

使用宾语从句的时态还应注意下列特殊情况：
一． 如果宾语从句中有明确表示过去的时间状语，不论主句用什么时态，从句一律用过去时。如：
She said she came to work here in 1998. 她说她是1998年来这里工作的。
二． 如果宾语从句表示客观真理、科学原理、自然现象、现阶段存在的客观事实、现在经常性或习惯性的动作、谚语、格言等，不论主句用何种时态，从句一律用一般现在时。如：
Our teacher told us that light travels much faster than sound. 我们老师对我们说光比声音传播要快得多。

祝同学学习进步~