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同学你好~
这个句子不恰当，最好说She said she had got a headache.
这里主句谓语said是过去时态，从句也最好用过去时态，用过去完成时。

现在完成时的构成是have+过去分词，比如I have finished my homework. 我已经做完作业了。

过去完成时的构成是had+过去分词，表示“过去的过去”，且本身就属于过去时态，所以可以和一般过去时搭配使用。比如He said he had worked in that factory since 1949. 他说自从1949年以来他就在那家工厂工作。

可以在这里看看现在完成时和过去完成时的用法
http://www.hjenglish.com/new/p1193398/
http://www.hjenglish.com/new/p144172/

祝同学学习进步~