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同学你好，
When one considers /the many ways by which organisms are completely destroyed after death， it is remarkable that/ fossils are as common as they are.考虑到生物体死后以多种方式完全被破坏掉的时候，化石和生物本身一样常见，这一点值得引起人们的关注。
用什么介词和定语从句中接哪个词有关系，这里which指代ways，从句正常顺序应该是Organisms are completely destroyed after death by many ways.生物体死后以多种方式被完全破坏掉，既然是by many ways，那么many ways提前以后留下了by，所以是by which
断句的话同学可以看到前面的斜杠，When one considers当一个人在考虑xxx（考虑什么呢），考虑生物体死后被完全破坏掉的多种方法的时候，”化石与他们（生物本身）一样常见“这一点是引人注意的。
一个句子分别套两个从句，希望能给你提供帮助哦O(∩_∩)O