一八六六年，海上发生了一件离奇的怪事。一个纺锥形的庞然大物，他周身闪烁着奇异的光芒，个头比鲸鱼大得多，速度也快得多，在海上神出鬼没，有不少船只受到了它的攻击。为了保障海上交通的安全，北美联合众国发表声明，宣布成立剿灭怪物的远征队，当远征队的战舰与海怪发生撞击，主人公不小心落入水中，才发现怪物原来是一艘世间绝无仅有的巨大潜艇。随后主人公被带入潜艇中，开始了一场奇异的海底之旅。